Eind 17e eeuw raakte de stad opnieuw in verval. Bovendien werd ze getroffen door een grote ramp. In deze donkere jaren dienden zich echter ook hervormers aan, die de basis legden voor modern Nederland.

Na 1660, het hoogtepunt van de bloei van Leiden, ging het langzaamaan steeds slechter. Vooral in de tweede helft van de 18e eeuw ging de wolindustrie hard achteruit. De werkgelegenheid verdween, de nijverheid verplaatste zich naar elders en Leidenaren trokken weg. De stad telde rond 1800 nog maar 30.000 inwoners, waarvan de helft regelmatig een beroep deed op de armenzorg.

Er was onrust onder de bevolking. Dit leidde tot enkele stakingen van wolarbeiders en de plundering van huizen tijdens het Pachtersoproer (1748). Maar de grootste revolutionaire dreiging kwam van welgestelde burgers die uitgesloten waren van stadsbestuur.