Al voor het begin van de jaartelling woonden er mensen langs de Rijn. Dat was toen nog de hoofdstroom van de rivier: pas in de 12e eeuw verzandde de oude Rijnmonding.
De oudste sporen van bewoning op Leids grondgebied zijn gevonden tussen de Rijnsburger- en Wassenaarseweg. Op de oude strandwal van Pomona stond een akkerbouwcomplex uit de late steentijd (2000 v. Chr). Verder zijn er voornamelijk nederzettingen uit de IJzertijd (na 500 v. Chr) gevonden, vooral in de Stevenshof.
Matilo
Rond de jaartelling versmolten de oorspronkelijke bewoners met Germaanse nieuwkomers. Kort daarna arriveerden de Romeinen. De Rijn werd de grens van hun rijk. Op Leids grondgebied vestigden ze Matilo, een versterkt legerkamp. Toen de Romeinen vertrokken, gingen ook veel inheemse bewoners weg. Germaanse stammen vestigden zich of trokken door, tot rond 600 n. Chr. de Franken hier heersten.
