Na 3 oktober 1574 (Leids Ontzet) trad een nieuwe generatie stadsbestuurders aan. Zij moderniseerden de stad en het stadsbestuur en legden de fundamenten voor een nieuwe bloeiperiode van Leiden. De belangrijkste onder hen was stadssecretaris Jan van Hout (1542-1609).
Na de Opstand en de Reformatie hadden de Hollandse steden nu de macht, niet de graaf of koning. Het nieuwe Leidse stadsbestuur met als drijvende kracht Jan van Hout, stadssecretaris sinds 1574, ontplooide diverse initiatieven die zouden leiden tot een bloeiperiode van de stad. Vooral de textielnijverheid en de universiteit profiteerden daarvan.
Humanist
Jan van Hout was een veelzijdig man, meer humanist dan calvinist, en dichter. Hij bevorderde het gebruik van het Nederlands in plaats van het Latijn, en wierf samen met Janus Dousa hoogleraren voor de kersverse universiteit van de stad.
