Economische impulsen en andere hervormingen
Het grootste probleem vormde de Leidse economie. Jan van Hout stelde in 1577 voor om Vlamingen die naar Engeland gevlucht waren, naar Leiden te halen. Deze kopgroep van nieuwe immigranten gaf de kwakkelende wolnijverheid een grote impuls.

Met zijn Armenrapport uit 1577 legde Jan van Hout de basis voor vergaande reorganisaties op het gebied van armenzorg en gezondheidszorg. Hij gaf de voorheen informele buurtorganisaties - de gebuurten - daarbij een taak. Jan van Hout zorgde verder voor de aanpak van de vervuiling van de stad, bestratingen, walkanten, bruggen, etc. Daarvoor betaalden de burgers voortaan belasting. Hij reorganiseerde het stadsarchief en beheerde bovendien de stadhuisdrukkerij.

Voorman van nieuwe generatie stadsbestuurders