- Academiegebouw. Oorspronkelijk kloosterkapel (1507), verbouwd in 1581 ter huisvesting van de Leidse universiteit. Interieur meerdere keren aangepast.
Hortus Botanicus. Botanische tuin universiteit, gesticht in 1587/1590, sindsdien uitgebreid en heringericht.
Saaihal. Oorspronkelijk kapel Jacobsgasthuis (1477), vanaf 1590 Saaihal, in 1593-94 voorzien van gotiserende torenbekroning. Vanaf 1807 weer katholieke kerk (Lodewijkskerk).
Stadhuisgevel. Deze renaissancegevel werd in 1596 voor het middeleeuwse stadhuis geplaatst. Ontwerp beïnvloed door Lieven de Key. Gevel telt veel details. Bleef behouden bij brand van 1929, waarbij het middeleeuwse stadhuis geheel verwoest werd.
Gemeenlandshuis (Rijnlandhuis). In 1578 hoofdkantoor Hoogheemraadschap, ingrijpend verbouwd in 1597-'98. Fraai voorbeeld Hollandse renaissance. Prachtige interieurs van o.a. Pieter Post.
Heilige Geestweeshuis. Stedelijk weeshuis. Grootscheepse verbouwing oudere panden aan Hooglandse Kerkgracht in 1604-'07, waarbij ook poort werd gebouwd. Verbouwd en uitgebreid in 17e eeuw.
Stadstimmerwerf. In 1612 gebouwd, in 1651 uitgebreid door Arent van 's Gravesande (graanmagazijn, later opslag). Werkplaats en opslag van stadstimmerman, stadssteenhouwer etc.
Lakenhal. Zetel van het bestuur van de lakennering en plaats waar weefsels gekeurd werden. In 1639-'40 ontworpen en gebouwd door Arent van 's Gravesande. 19e- en 20e-eeuwse uitbreidingen. Thans stedelijk museum.
Van Brouchovenhof. Gebouwd door Arent van 's Gravesande in 1639-'41.
Eva van Hogeveenhof. Gebouwd door Arent van 's Gravesande in 1653-'54.
Pieter Loridanshof. Gesticht in 1655, gebouwd door Pieter Jansz. van Noort in 1656-'57.
Tevelinghof. Ruitvormig. Gebouwd door Willem van der Helm in 1666-'67.
Meermansburg. Het grootste hof van Leiden. Gebouwd door Jacob Roman in 1681.
Marekerk. Speciaal voor de protestantse eredienst ontworpen kerk in achthoekige vorm. Ontworpen (1639) en gebouwd (1649) door Arent van 's-Gravesande.
Bibliotheca Thysiana, op de hoek van Rapenburg en Groenhazengracht. Woning gebouwd door Arent van 's Gravesande (1654). Fraai voorbeeld Hollands classicisme. Bevat originele 17e-eeuwse bibliotheek. Unesco-monument.
Tuchthuis. Aanbouw aan Gravensteen aan Pieterkerkhof en Gerecht door Arent van 's Gravesande en anderen, 1654-'55, met een rasphuis (voor mannen) en spinhuis (voor vrouwen).
Waag. Gebouwd door Pieter Post in 1657-'59. Hier werden voor de handel bestemde goederen gewogen. Fraai voorbeeld van Hollands classicisme. Reliëf van Rombout Verhulst.
Pesthuis. Verpleeghuis voor pestlijders, gebouwd in 1658-'62 door H.C. van Duyvenvlucht. Beeldhouwwerk van Rombout Verhulst. Later gevangenis en legermuseum. Gerestaureerd ten behoeve van Naturalis.
Zijlpoort. Stadspoort, gebouwd in 1667-'69 naar ontwerp van Willem van der Helm. Met beeldhouwwerk van Rombout Verhulst.
Morspoort. Stadspoort, gebouwd in 1668-'69 naar ontwerp van Willem van der Helm.
Vierschaar en schepenbank. Gerechtsgebouw, aangebouwd aan Gravensteen uit 1671-'72 tegenover Papengracht, ontworpen door Willem van der Helm met beeldhouwwerk van Franciscus Xavery.
Latijnse school. Gebouwd in 1599-1600 (Jacob Dircxz. den Dubbelden en Claes Cornelisz. van Es). Het onderwijs bereidde jongens vanaf ca. 10 jaar voor op een academische studie. Later bood het gebouw onderdak aan o.a. het Stedelijk Gymnasium (1838-1883), een jongens-HBS en Mathesis Scientium Genetrix, een technische opleiding
Carolus Clusius (Charles de l'Écluse, 1526-1609), arts en plantkundige, vormgever Hortus Botanicus, verspreider van aardappel en tulp.
Isaac Claasz. van Swanenburgh (1537-1614), burgemeesterschilder.
Josephus Justus Scaliger (1540-1609), humanist, hoogleraar, classicus, historicus, bijbelwetenschapper.
Jan van Hout (1542-1609), humanist, stadssecretaris, bestuurlijk hervormer, letterkundige.
Jan van der Does (Janus Douza, 1545-1604), heer van Noordwijk, bevelhebber tijdens Beleg, humanist, bestuurder universiteit, dichter.
Justus Lipsius (Joost Lips, 1547-1606), humanist, hoogleraar, classicus. Gaf mede inhoud aan de jonge Leidse universiteit.
Cornelis Schuyt (1557-1616), organist en componist.
Jacobus Arminius (Jacob Hermans, 1559-1609), hoogleraar theologie, voorman van de remonstranten.
Franciscus Gomarus (1563-1641), hoogleraar theologie, voorman van de contraremonstranten.
Bonaventura Elzevier (1583-1652), universiteitsdrukker en uitgever.
Jan van Goyen (1596-1656), schilder.
Rembrandt van Rhijn (1606-1669), schilder
Jan Lievens (1607-1674), schilder.
Arent van 's Gravesande ( ca. 1610-1662), architect, stadsbouwmeester.
Gerrit Dou (1613-1675), schilder.
Pieter de la Court (1618-1685), lakenkoopman en politiek-econoom.
Jan Steen (1626-1679), schilder.
Frans van Mieris de Oude (1635-1681), schilder.
1575 - Stichting Universiteit - Het Academiegebouw aan het Rapenburg is sinds 1581 het centrum van de Leidse universiteit.
1577 - Komst eerste Zuid-Nederlandse immigranten - Het spinnen, het scheren van de ketting en het weven, een schilderij van Isaac Claesz. van Swanenburg, ca. 1595. Het gaat hier om de saainering: het schilderij is er een uit een serie die Van Swanenburg voor de Saaihal maakte. Op de achtergrond waarschijnlijk de Oosterlingplaats (nu Garenmarkt).
1577 - Het zogenaamde Armenrapport verdedigd in de vroedschap
1578 - Vestiging kantoor van het Hoogheemraadschap van Rijnland in Leiden
1580 - Arbitraal Accoord, waarbij kerk en magistraat hooglopende conflicten regelen
1590 - Saainering ondergebracht in representatief onderkomen - Gezicht op de Saaihal (de huidige Lodewijkskerk) aan het Steenschuur. Op de plek van de huizen links ligt nu het Van der Werfpark. Tekening van J. Timmermans in Oost-indische inkt, ca 1795.
1609 - Komst van de Pilgrims - Gedenkplaat aan de Pieterskerk ter herinnering aan het verblijf van de Pilgrim Fathers in Leiden.
1611 - Stadsvergroting aan noordzijde - Deze gevelsteen aan de Nieuwe Beestenmarkt drukt uit dat voor de zuidelijke vluchtelingen Leiden het land van belofte was, maar ook dat de nieuwe stadswijk die in 1611 gebouwd was, voor het stadsbestuur een belofte van herstelde voorspoed betekende.
1617 - Arminiaanse Schans in de Breestraat - De scherpe punten op de omheining stonden bekend als 'de tanden van Oldenbarnevelt', naar de raadpensionaris van Holland, de belangrijkste politieke tegenstander van prins Maurits.
1624 - Rembrandt begint eigen atelier in Leiden - Een jeugdwerk van Rembrandt uit zijn Leidse periode: Palamedes voor Agamemnon, uit 1626. Rembrandt schilderde zijn eigen portret in het poortje.
1635 - Zeer ernstige pestepidemie
1639 - Besluit bouw Marekerk
1640 - Lakenhal in gebruik genomen
1644 - Stadsvergroting rond de Haven
1659 - Stadsvergroting aan oost- en zuidoostzijde maakt binnenstad compleet
1669 - Grote epidemie (vermoedelijk malaria)
1672 - Leiden in staat van verdediging tegen naderende Franse troepen
