De ontruiming van het Joodse weeshuis is een van dieptepunten in Leiden tijdens de Duitse bezetting. Op 17 maart 1943 werden 51 kinderen en hun begeleiders opgepakt. Zij kwamen uiteindelijk in vernietigingskampen terecht. Ook de andere Joden in Leiden werden die dag opgepakt door de bezetter. Van de kleine joodse gemeenschap van Leiden overleefden slechts weinigen.

De Duitsers waren op 10 mei 1940 Nederland binnengevallen. Bij vliegveld Valkenburg en bij de Haagsche Schouw is stevig gevochten, maar slachtoffers vielen voornamelijk buiten Leiden. Pas aan het eind van de oorlog vielen er doden door oorlogsgeweld, namelijk door geallieerde bombardementen op de Leidse stations.

Tekenen van verzet
De eerste oorlogsjaren kenden een relatieve economische opbloei. Het leven ging 'gewoon' door. Wel was de vervolging van de joden al snel zichtbaar. Professor Cleveringa protesteerde tegen het gedwongen ontslag van joodse collega's en studenten gingen in staking.