In 1575 schonk Willem van Oranje, leider van de Nederlandse Opstand, Leiden een universiteit, de eerste in de Noordelijke Nederlanden. Misschien was dit uit dank voor de betoonde moed tijdens het Spaanse Beleg van de stad in 1574, maar waarschijnlijk vooral omdat Leiden de grootste en belangrijkste stad was in bevrijd gebied. Een universiteit bood de Republiek immers de kans nieuw kader op te leiden.
In 1581 betrok men de kapel van het Witte Vrouwenklooster aan het Rapenburg, nu het Academiegebouw. In 1590 werd achter dit gebouw door de vermaarde Clusius een botanische tuin ingericht, de Hortus Botanicus, die al snel internationale faam verwierf. Aan de overzijde van de gracht vonden universiteitsbibliotheek en anatomisch theater hun plek.
Geleerden uit heel Europa
Leiden werd al snel een beroemde universiteit met (vooral protestante) wetenschappers en studenten uit heel Europa.
